El Convento de Herbón inicia su nueva etapa como Colegio de Misiones, funcionó como tal desde Mayo de 1701 hasta la exclaustración de 1835. Para adaptarlo hubo que reconstruir el convento casi por completo.
En 1809, las tropas de Napoleón asaltan y saquean el convento, porque los frailes,se oponían a la invasión y estos tienen que huir para salvar sus vidas. Más tarde, en 1823, este convento fue utilizado por la autoridad civil como cárcel para clérigos liberales.
Después de abandonar el Convento, en 1835, el convento queda vacío durante 49 años, transcurrido todo ese tiempo, el Ayuntamiento de Padrón se hace cargo. Lo alquilaban por períodos de tres años, con la obligación de conservarlo intacto y de no talar el bosque. En 1865 el Gobierno Español y la Santa Sede, entregan el Convento con su huerta y circundado al Arzobispo de Santiago, usándolo como servicio a la diócesis, durante cinco años, este edificio fue usado como seminario menor de la Archidiócesis, clausurándolo, ya que la instalaciones estaban muy deterioradas.
Al quedar libre, el Sr. Arzobispo se lo ofrece a los Padres Mercenarios de Conxo como posible permuta por el monasterio que ellos tenían en el barrio Santiagués (actualmente utilizado cómo Psiquiátrico), pero no aceptan este cambio.
En 1884 , los franciscanos vuelven a Herbón, pero el Arzobispo D. Victoriano Guisasola decide establecer en el convento de Herbón una casa- correcional para sacerdotes, de cuya intención se encargarían los religiosos.
Al no resultar fácil a convivencia, el Vice-Comisario de Madrid, los aconsejan con que abandonen el Convento, pero vuelven en 1890 después de suprimirse dicho correccional.