O Convento de Herbón inicia a súa nuevo etapa como Colexio de Misións, funcionou como tal desde Maio de 1701 ata a exclaustración de 1835. Para adaptalo houbo que reconstruír o convento case por completo.
En 1809, as tropas de Napoleón asaltan e saquean o convento, porque os frades,opúñanse á invasión e estes teñen que fuxir para salvar as súas vidas. Máis tarde, en 1823, este convento foi utilizado pola autoridade civil como cárcere para clérigos liberais.
Despois de abandonar o Convento, en 1835, o convento queda baleiro durante 49 anos, transcorrido todo ese tempo, o Concello de Padrón faise cargo. Alugábano por períodos de tres anos, coa obrigación de conservalo intacto e de non tallar o bosque. En 1865 o Goberno Español e a Santa Sé, entregan o Convento coa súa horta e circundado ao Arcebispo de Santiago, usándoo como servizo á diocese, durante cinco anos, este edificio foi usado como seminario menor da Arquidiocese, clausurándoo, xa que a instalacións estaban moi deterioradas.
Ao quedar libre, o Sr. Arcebispo ofrécello aos Pais Mercenarios de Conxo como posible permuta polo mosteiro que eles tiñan no barrio Santiagués (actualmente utilizado como Psiquiátrico), pero non aceptan este cambio.
En 1884 , os franciscanos volven a Herbón, pero o Arcebispo D. Victoriano Guisasola decide establecer no convento de Herbón unha casa- correcional para sacerdotes, de cuxa gallo se encargarían os relixiosos.
Ao non resultar fácil a convivencia, o Vice-Comisario de Madrid, aconséllanos con que abandonen o Convento, pero volven en 1890 despois de suprimirse este correccional.